厚生労働省より、労働時間の適正把握について、リーフレット「労働時間を適正に把握し正しく賃金を支払いましょう」が公表されています。
当たり前の事ではありますが、使用者には労働時間を適正に把握する責務があり、それに基づき賃金を計算、支払うことが必要です。
リーフレットでは、下記の内容を労働基準法違反となる典型的な扱いとして注意喚起しています。

■労働基準法違反となる取り扱い

〇 勤怠管理システムの端数処理機能を使って労働時間を切り捨てている
→(例)1日の時間外労働時間のうち15分に満たない時間を一律に切り捨て(丸め処理)、その分の残業代を支払っていない。
*1日の労働時間について一定時間に満たない時間を切り上げた上で、その分の賃金を支払うことは問題ありません。

〇 一定時間以上でしか残業申請を認めない
→(例)残業申請は、30分単位で行うよう指示し、30分に満たない時間外労働時間については、残業申請することを認めず、切り捨てた分の残業代を支払っていない。
*端数処理の例外としては、1か月における時間外労働、休日労働および深夜業の各々の時間数の合計に1時間未満の端数がある場合に、30分未満の端数を切り捨て、それ以上を1時間に切り上げることは認められます。

〇 始業前の作業を労働時間と認めていない
→(例)毎朝、タイムカード打刻前に作業(制服への着替え、清掃、朝礼など)を義務付けているが、当該作業を、労働時間として取り扱っていない(始業前の労働時間の切り捨て)。

詳細は下記をご参照ください。

・001310369.pdf (mhlw.go.jp)
https://www.mhlw.go.jp/content/11200000/001310369.pdf

・(全体HP)労働基準関係リーフレット |厚生労働省 (mhlw.go.jp)
https://www.mhlw.go.jp/stf/seisakunitsuite/bunya/0000056460.html